Фамилия Ендуков — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Чтобы понять её корень, нужно отбросить суффикс -ов, который указывает на принадлежность («чей?» — сын Ендука), и сосредоточиться на основе Ендук.

Самая вероятная версия связывает фамилию с диалектным словом «ендук» или «индюк». В южнорусских и некоторых сибирских говорах индюка называли «ендуком» (ср. украинское «індик»). Прозвище Ендук могли дать человеку за внешнее сходство с этой птицей — например, за важную, надутую походку или пёструю одежду. В ономастике есть параллели: фамилии Индюков, Индюшкин встречаются чаще, но Ендуков — их диалектный вариант, сохранивший местное произношение.

Менее распространённая, но возможная гипотеза выводит основу из тюркских языков. Слово «ендук» могло означать «орех» (ср. турецкое fındık — фундук). В таком случае прозвище Ендук давали либо торговцу орехами, либо человеку с круглым, «ореховидным» лицом. Однако эта версия слабее: фамилии, образованные от названий растений, обычно имеют суффикс -ин (Ендукин), а не -ов, и в русской антропонимии тюркская основа «ендук» почти не зафиксирована.

Фамилия явно крестьянская по происхождению — патронимическая, то есть возникла в среде, где отца или деда знали по прозвищу. Ареал бытования Ендуковых — преимущественно юг России: Курская, Воронежская, Ростовская области, откуда фамилия могла распространиться с переселенцами на Кубань и в Сибирь. В дореволюционных переписях она встречается редко, что говорит о её локальном характере.

Словообразовательная модель простая: прозвище Ендук + патронимический суффикс -ов. Ударение в фамилии падает на второй слог — Ендуко́в, хотя в говорах могли ставить его на первый. Иногда фамилию путают с Ендиковым (от «ендик» — уменьшительное от Андрей), но это разные корни: в Ендукове отчётливо слышен «индюк», а не имя.