Фамилия Ердакий — редкий пример того, как церковная традиция и народное произношение переплелись в фамильном имени. В её основе лежит прозвище Ердак, которое восходит к древнерусскому слову «ердань». Так на Руси называли прорубь во льду, которую делали для освящения воды на праздник Богоявления (Крещения). Само слово «ердань» — это искажённое название реки Иордан, той самой, где, по Евангелию, крестился Иисус Христос. На иврите эта река называется Ярденит.

Человек, получивший прозвище Ердак, мог иметь прямое отношение к крещенским обычаям: либо он сам был крещён в такой проруби, либо часто бывал на Иордане — например, ездил туда на богомолье. В любом случае, прозвище закрепилось за ним в быту, а затем перешло к потомкам в форме фамилии Ердакий.

С точки зрения словообразования, фамилия оформлена суффиксом -ий, который в русской ономастике встречается реже, чем -ов или -ин. Обычно такой суффикс указывает на принадлежность или свойство: Ердакий буквально означает «сын Ердака» или «человек из рода Ердака». Эта модель типична для прозвищных фамилий, которые закрепились в крестьянской и мещанской среде.

Фамилия очень редкая. В открытых источниках и базах данных она почти не встречается, что говорит о локальном бытовании — возможно, в одном из регионов, где крещенские традиции были особенно сильны. В отличие от массовых фамилий вроде Иванов или Кузнецов, Ердакий сохранилась как уникальный след народной этимологии: библейское название реки, пройдя через века и говоры, превратилось сначала в бытовое слово, а затем — в фамильное имя.