Фамилия Ергун — редкий пример, когда за короткой основой стоит сразу несколько возможных историй. Самая распространённая версия ведёт к мирскому имени Ергун, которое образовали от существительного «ерга». В старых русских говорах «ерга» означала «оборванец, лохмотник». Казалось бы, имя с негативным значением, но в народной традиции часто действовал принцип «от обратного»: нарекая младенца Ергуном, родные желали ему жить в достатке и никогда не знать нужды. Считалось, что злое имя обманет нечистую силу и убережёт ребёнка.

Однако у той же основы есть и другое, прямо противоположное значение. В диалектах «ерга» — это ещё и «елоза», то есть непоседа, юркий и шаловливый человек. Поэтому прозвище Ергун могли дать не бедняку, а чересчур подвижному, вертлявому ребёнку, который не мог усидеть на месте. В этом случае фамилия закрепилась за потомками того самого непоседы — без всякой обережной магии, а просто по яркой черте характера.

Фамилия образована по типичной для русских фамилий модели: к основе «Ергун» добавили суффикс -ов/-ев (в зависимости от говора), но в самой фамилии суффикс уже не выделяется, и она застыла в виде Ергун. Такая бессуффиксная форма встречается реже, чем, скажем, Ергунов, и может указывать на украинское или белорусское происхождение, где фамилии на -ун особенно распространены. В русском контексте фамилия Ергун тоже возможна, но тогда она скорее всего закрепилась в форме прозвища без дополнительного оформления.

Спор между двумя версиями — «оборванец» и «елоза» — решается в пользу второй, и вот почему. Имя-оберег от бедности было бы логичнее дать в форме с уменьшительным суффиксом, а не с активным -ун, который в русском языке чаще обозначает деятеля или носителя признака (болтун, крикун, шатун). Ергун по этой модели — тот, кто «ергает», то есть ёрзает, вертится. Значение «непоседа» для прозвища более естественно и не требует дополнительных объяснений с «защитой от зла». Впрочем, в разных семьях фамилия могла возникнуть независимо и по разным причинам — народная этимология не всегда следует строгим правилам.