Фамилия Ермаханов — характерный пример фамилии, сформировавшейся в тюрко-мусульманской среде, скорее всего, у татар, башкир или казахов. Её основа — личное имя Ермахан, которое, в свою очередь, составное. Первая часть, «Ер», восходит к тюркскому «ер» — «мужчина, герой, смелый». Вторая часть, «хан», — титул верховного правителя. Таким образом, имя Ермахан означает нечто вроде «герой-хан» или «мужчина-правитель». Имя было престижным, его давали с пожеланием мальчику стать сильным и уважаемым лидером.

Словообразовательная модель здесь прозрачна: к основе Ермахан добавился русский патронимический суффикс -ов. В среде крещёных татар или в ходе делопроизводства Российской империи имена фиксировались по русскому образцу: «чей сын?» — Ермаханов. Фамилия закрепилась в формах, характерных для Поволжья и Приуралья. Встречается и вариант Ермаханов, и Ермакханов, но первый — основной.

Стоит отличать эту фамилию от фамилии Ермаков. Ермаков образована от имени Ермак (уменьшительная форма от Ермолай), и это совсем другая, русская православная линия. Ермаханов же сохраняет в корне «хан», что прямо указывает на восточное, степное происхождение. Если предки носителя фамилии жили в Оренбургской губернии или в Казахстане, то с высокой вероятностью они были из числа служилых татар, башкирских вотчинников или казахов, принявших оседлость.

Сословная принадлежность могла быть разной: от рядовых общинников до представителей мелкой мусульманской знати. Но в любом случае, фамилия Ермаханов — это не прозвище по ремеслу, а именование по предку, которого звали гордым именем Ермахан. В документах XIX века она встречается в метрических книгах мечетей Оренбургского и Уфимского духовных собраний.