Фамилия Ермаханова — женская форма, а мужской вариант Ермаханов встречается реже. Она тюркского происхождения и строится по прозрачной модели: основа + русский патронимический суффикс -ов/-ев, который в XIX–XX веках закрепился у многих народов Поволжья, Приуралья и Казахстана. Сама основа распадается на два компонента: «Ерма» и «хан». Первая часть восходит к тюркскому «ер» — «мужчина, герой, смельчак» (в казахском, татарском, башкирском языках). Вторая — «хан» — титул правителя, но в составе личных имён он часто выполнял роль усилителя: «настоящий, великий, главный». То есть Ермахан в буквальном смысле — «герой-хан» или «великий мужчина».

Такие двукоренные имена с компонентом «ер» были популярны у тюркских народов: Ербол (герой-стань), Ержан (герой-душа), Ермек (герой-украшение). Имя Ермахан встречается у казахов, башкир и татар, но не повсеместно — это скорее редкий антропоним, чем распространённое имя. Фамилия Ермаханова, соответственно, означает «потомок Ермахана» или «принадлежащая к роду Ермахана».

От других похожих фамилий — например, Ермаков или Ермолов — эту отличает суффикс -ханов. Он указывает не на русского человека по имени Ермак, а на тюркскую ономастическую традицию, где «хан» — не столько правитель, сколько почётный элемент имени. Поэтому носители фамилии Ермаханова, скорее всего, происходят из среды казахской или татаро-башкирской знати, но не обязательно высшей: в XIX веке такие имена давали и простым кочевникам в знак уважения к их силе или заслугам.

Географически фамилия привязана к западному Казахстану, Оренбургской области и Башкортостану. В документах XIX века её почти нет — это говорит о том, что фамилия оформилась поздно, вероятно, уже после переписи 1897 года, когда многие тюркские имена получили русские окончания. Ударение в фамилии, скорее всего, падает на последний слог: Ермаханóва, хотя в устной речи встречаются варианты с ударением на третий слог.