Фамилия Ермалюгина — женская форма мужской фамилии Ермалюгин. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Ермалюга, которое, в свою очередь, образовано от имени Ермак. Суффикс -юг- в русских фамилиях встречается нечасто и придаёт основе оттенок ласкательности или, наоборот, пренебрежительности, как в словах «ворюга», «зверюга». В данном случае, скорее всего, перед нами диалектный вариант с уменьшительно-ласкательным значением: Ермалюга — это «маленький Ермак» или «Ермак, которого ласково зовут».

Само имя Ермак — это народная форма крестильного имени Ермолай. В православных святцах Ермолай (от греческого «вестник народа») почитался как мученик, но в быту имя быстро сократили до Ермака, особенно в северных и сибирских говорах. Знаменитый атаман Ермак Тимофеевич, покоритель Сибири, закрепил эту форму в народной памяти, но фамилия Ермалюгин могла возникнуть задолго до него — на основе личного имени, которое давали в крестьянских семьях.

Географически фамилия Ермалюгин тяготеет к центральным и северным областям России, где суффикс -юг- был более распространён. Встречается она в Вологодской, Костромской и Кировской областях, а также в Пермском крае. Носители фамилии — потомки крестьян или посадских людей, которые получили прозвище по имени отца: «чей сын?» — «Ермалюгин», то есть сын Ермалюги.

Интересная деталь: фамилия сохранила редкую словообразовательную цепочку. От имени Ермак сначала образовали уменьшительную форму Ермалюга, а уже от неё — фамилию с типичным русским суффиксом принадлежности -ин. Это отличает её от более прямых фамилий вроде Ермаков или Ермачков, где основа не прошла через ласкательный суффикс. Ударение в фамилии, по правилам русских фамилий на -ин, падает на второй слог: Ермалю́гина.