Фамилия Ермени — редкий случай, когда географическая привязка оказывается важнее, чем разбор корня. Если бы фамилия была образована просто от имени Ермак или Ермолай, мы бы видели «Ермаков» или «Ермолаев». Суффикс -и (в мужском роде — Ермени, без окончания) выдает нетипичную модель: так оформляли фамилии в основном на юго-западе, в украинских и белорусских землях, где было принято усекать основу и добавлять -и, -а, -о. Сравните: Гуменюк, Литовченко — иная модель, но суффикс -и в чистом виде встречается у фамилий типа Сухи, Рыжи. Здесь же основа «Ермен» плюс окончание, которое на письме ведет себя как неизменяемое.

Самая вероятная версия: в основе лежит прозвище Ерменя от слова «ермень» или «ерменя». В южнорусских говорах «ермень» — это вариант «ермолка», то есть шапка, или, шире, человек, который постоянно носит такой головной убор. Могли так прозвать за привычку или за профессию: например, скорняк, работавший с мехом для шапок. Второй вариант — искаженное «армянин»: в диалектах «ермянин» или «ермен» — так называли выходцев с Кавказа, торговцев или ремесленников. Прозвище могли дать человеку со смуглой кожей или восточными чертами лица, и оно закрепилось за родом.

Третья, менее очевидная версия — от крестильного имени Ерм (сокращение от Ермолай, что значит «вестник народа»), но с наращением -ен-: Ерменя как ласкательная форма. Однако эта модель нехарактерна для русской антропонимии: обычно Ермолай давал Ермолаева или Ермохина, а Ерм — Ермова. Поэтому версия с прозвищем выглядит убедительнее.

Фамилия почти не встречается за пределами западных областей России и востока Украины. В современных справочниках она не упоминается среди частых, что говорит о локальном бытовании: возможно, один-два рода в Черниговской или Смоленской губерниях. Сословно — скорее крестьянская или мещанская, без дворянских корней: модель на -и не характерна для знатных родов, которые предпочитали -ов/-ев или -ский.

В написании возможна путаница с фамилией Ерменев (отчество от Ермень, с суффиксом -ев), но Ермени отличается неизменяемостью: «Иван Ермени» и «Петру Ермени» — форма не склоняется, что тоже указывает на иноязычное или прозвищное происхождение.