Фамилия Ержуков — редкая и морфологически прозрачная, но её основа неочевидна. Она образована по стандартной русской модели с суффиксом -ов, который присоединяется к основе на твёрдый согласный. Это указывает на то, что в основе лежало прозвище или имя Ержук. Суффикс -ук (или -юк) в русских и украинских фамилиях часто выполнял уменьшительную или «сыновью» функцию: Ержук — это «маленький Ерж» или «сын Ержа».

Ключевой вопрос — что такое «Ерж». Самая вероятная версия: это фонетический вариант имени Ерш. В русских говорах, особенно в северных и сибирских, «ерж» и «ерш» могли звучать как взаимозаменяемые формы, а рыба ёрш была широко известна. Прозвище Ерш (или Ерж) давали человеку колючему, неуживчивому, «ершистому» — с острым языком или характером. В ономастических работах Б. Унбегауна фамилии от названий рыб (Ершов, Окунев, Карасёв) отмечены как типичные для прозвищного слоя, и Ержуков вписывается в этот ряд.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с тюркскими корнями. В тюркских языках «ер» означает «земля», а «жук» — «кольцо» или «перстень». Однако для фамилии, оканчивающейся на -ов, такая гипотеза требует допущения, что прозвище Ержук было заимствовано и переосмыслено русскими, что маловероятно без дополнительных доказательств. Поэтому версия с «ершом» остаётся основной.

Географически фамилия Ержуков встречается крайне редко, единичные носители зафиксированы в центральных и северных регионах России. В дореволюционных источниках она не упоминается в дворянских родословных, что указывает на крестьянское или мещанское происхождение. Предок, получивший прозвище Ержук, скорее всего, был простым человеком — рыбаком, ремесленником или крестьянином, которого за характер прозвали «ершистым».