Фамилия Эткова — женская форма фамилии Этков, и её происхождение неочевидно на первый взгляд. В русской ономастике суффикс -ов/-ев указывает на принадлежность или происхождение от человека по имени или прозвищу. Однако основа «Этк-» не встречается в списке распространённых древнерусских имён или прозвищ.

Самая вероятная версия — фамилия образована от прозвища Этко, которое могло быть диалектным вариантом слова «эткий» (такой, эдакий). В северных и сибирских говорах «эткой» или «эткий» употреблялось как указательное местоимение с оттенком удивления или неодобрения: «эткой ты непутёвый». Прозвище могли дать человеку с заметной, необычной манерой поведения или речи — тому, кого часто характеризовали фразой «эткой чудак». По этой модели образованы и другие редкие фамилии: Этков, Эткин, Эткеев.

Менее вероятно, но возможно, что фамилия имеет тюркские корни. В некоторых тюркских языках «эт» означает «мясо», а суффикс -к- мог образовывать прозвище мясника или торговца мясом. Но против этой версии говорит то, что фамилия Эткова встречается почти исключительно в русскоязычной среде, а не в регионах с тюркским населением.

Географически фамилия редкая. Основные очаги — центральные области России, единичные записи встречаются в Сибири. Сословной принадлежности предков определить не удаётся: в дворянских родословных книгах и купеческих списках фамилия не зафиксирована, что указывает на крестьянское или мещанское происхождение. В дореволюционных метрических книгах фамилия могла записываться через «ять» — Этковъ, что вносило путаницу при переходе на современную орфографию.