Фамилия Евстифеенков — наглядный пример того, как в русской ономастике редкое каноническое имя обрастало типичными фамильными суффиксами, а заодно и меняло звучание на народный лад. В основе лежит крестильное имя Евстифий (от греческого «эустатиос» — «устойчивый», «благостный»). В русском просторечии его переделали в более удобное для произношения Евстифей, а от него пошла уменьшительная форма Евстифейка, где суффикс -к- указывал на сына или младшего родственника. От этой формы и образована фамилия через стандартный русский патронимический суффикс -енков, который характерен для центральных и южных регионов России. Получается цепочка: Евстифий → Евстифейка → «сын Евстифейки» → Евстифеенков.

Словообразовательная модель здесь необычна двойным «смягчением»: сначала имя потеряло книжное окончание, потом обросло просторечным суффиксом -к-, а затем — фамильным -енков. Такая конструкция встречается реже, чем варианты на -ов или -ин, и указывает на то, что фамилия закрепилась в крестьянской или мещанской среде, где имена часто укорачивали и «обкатывали» в быту. Суффикс -енков, в отличие от северного -ев, типичен для земель бывшего Русского государства к югу от Москвы — например, в Тульской, Рязанской, Орловской губерниях. Именно там, по переписям XIX века, чаще всего и встречались носители этой фамилии.

Интересно, что фамилия Евстифеенков стоит в одном ряду с однокоренными, но более распространёнными Евстифеев, Евстигнеев и Евстафьев. Все они восходят к одному греческому корню, но разошлись по разным народным вариантам имени. Евстифеенков — самый «длинный» и редкий из них: он сохранил не только основу, но и уменьшительный суффикс, который в других ветвях фамилий часто отсекался. Это делает её ценной для историков языка: по ней можно проследить, как в XIX веке крестьяне «переделывали» церковные имена в удобные для повседневного обихода формы.

В советское время фамилия не исчезла, но осталась малочисленной. По данным современных баз, большинство Евстифеенковых живёт в Курской, Белгородской и Воронежской областях, что подтверждает её южнорусскую привязку. Других версий происхождения — от прозвища или топонима — у этой фамилии нет, так как все её элементы прозрачно указывают на личное имя. Спорным может быть только написание: в дореволюционных метриках встречается и вариант Евстифеенков (через «и»), и Евстифеенков (через «ѣ»), но современная орфография закрепила первый.