Фамилия Евстифеева образована от крестильного имени Евстихий, которое в бытовой русской речи дало ряд уменьшительных и упрощённых форм. Одна из них — Евстифей — и стала непосредственной основой для фамилии. Такая трансформация имени в повседневном общении — обычное дело: длинные и редкие церковные имена народ сокращал и переделывал на свой лад, чтобы было удобнее выговаривать.

Полное имя Евстихий имеет греческие корни и означает «счастливый», «благополучный». В святцах оно встречается нечасто, поэтому фамилии, от него образованные, тоже довольно редки. Узкий круг крестильных имён в древности заставлял людей искать дополнительные способы различать тёзок — так и появлялись отчества, которые затем закреплялись как фамилии. Потомок человека по имени Евстифей (или Евстихий) получал прозвание Евстифеев, а для женщин — Евстифеева.

Суффикс -ев указывает на принадлежность («чей?»), то есть буквально фамилия означает «дочь Евстифея». По модели образования она типична для русского Севера, Поволжья и центральных областей, где фамилии на -ев так же распространены, как и на -ов. В написании встречаются варианты: Евстифеев (мужская форма) и Евстифеева (женская). Иногда путают с фамилией Евстигнеев, но это разные корни: Евстигней происходит от другого полного имени — Евстигний.

Точное место и время возникновения конкретного рода Евстифеевых можно установить только через генеалогические разыскания — переписные книги, ревизские сказки, метрические записи. Однако ясно, что фамилия сложилась не позднее XVII века, когда процесс массового закрепления фамилий у крестьян и посадских людей в основном завершился.