Фамилия Ейкина — женская форма фамилии Ейкин, которая образована по самой распространённой в русской ономастике модели: от личного имени или прозвища через притяжательный суффикс -ин. Основа здесь — «Ейка», и именно в ней кроется главная загадка.

Самая правдоподобная версия возводит Ейку к просторечной форме канонического имени Иоанн. В русских говорах имя Иван (от Иоанн) давало множество уменьшительных вариантов: Ваня, Ванечка, Иванка, а также через чередование начальных гласных — Еван, Ейван. Отсюда легко возникла краткая форма Ейка, по аналогии с Ваня — Ванька, но с заменой «в» на «й». Фамилии на -ин от таких форм (Ейкин, Ейкина) — типичные «отчества» второго порядка: не «сын Ивана», а «сын Ейки», то есть внук или правнук человека по имени Иван.

Менее распространённая, но лингвистически возможная версия связывает Ейку с диалектным словом. В северных и сибирских говорах «ейка» могло означать «крик», «оклик», а также использоваться как прозвище для крикливого или зычного человека. Однако эта гипотеза слабее, поскольку прозвище Ейка не зафиксировано в исторических документах так широко, как уменьшительные формы от Ивана.

Географически фамилия Ейкина встречается спорадически, без ярко выраженной привязки к одному региону, но чаще — в бывших вотчинах Новгорода и в северных областях, где сохранялось характерное «ёканье» и переход «и» в «е» в начале слов. Носители фамилии — потомки крестьян или посадских людей, получивших фамилию по имени деда или отца. Сословная принадлежность в большинстве случаев была крестьянской или мещанской, так как дворянские роды с такой фамилией в гербовниках не значатся.

В написании фамилии возможна вариативность: через «ё» (Ёйкина) или «е» (Ейкина). В современном русском языке нормативным считается написание через «е», хотя в дореволюционных метрических книгах можно встретить оба варианта. Ударение обычно падает на первый слог: Е́йкина.