Фамилия Фадкин — редкий случай, когда в основе лежит не русское, а греческое церковное имя, причём в необычной усечённой форме. Исходное имя — Фаддей (от арамейского «taddai» — «хвалящий», «восхваляющий»). В просторечии имя Фаддей часто сокращали до Фадя, а от этой формы с помощью суффикса -к- образовывали уменьшительное Фадка («маленький Фадя»). Фамилия Фадкин, таким образом, означает «сын Фадки» или «потомок человека по прозвищу Фадка».

Суффикс -ин указывает на принадлежность: чей? — Фадкин. Это типичная модель для русских фамилий, образованных от имён или прозвищ, оканчивающихся на -а, -я (сравните: Фомин, Ильин, Кузьмин). Географически фамилия встречается рассеянно, преимущественно в центральных областях России и Поволжье, но не образует плотных гнёзд — это говорит о том, что она никогда не была массовой и осталась в рамках одной-двух крестьянских или мещанских семей.

Любопытная деталь: в отличие от более частых Фадеевых (от полной формы имени Фаддей), Фадкины сохранили в фамилии разговорный, «домашний» вариант имени. Если Фадеевы — это «дети Фадея», то Фадкины — «дети Фадки», то есть предок носителя фамилии в быту звался не иначе как Фадка. Такое «простонародное» звучание нередко давало повод для шуток или даже дразнилок в среде однодеревенцев, но в официальных документах фамилия закрепилась именно в этой форме.

В ономастике нет единого мнения о том, могла ли фамилия произойти от прозвища Фадка, не связанного с именем. Наиболее правдоподобной остаётся версия с именем Фаддей: альтернативные корни (например, от диалектного «фадка» — «складка», «морщина») не имеют достаточных исторических подтверждений и встречаются лишь в любительских этимологиях.