Фамилия Фахирдинов — одна из тех, что прямо указывает на мусульманские корни и арабское происхождение основы. Её не встретишь в старых русских переписных книгах, потому что сформировалась она в среде тюркских народов, исповедующих ислам, и лишь потом, в советское время, получила стандартное русское окончание.

В основе фамилии лежит арабское имя Фахирдин (Фахриддин). Оно составное: «Фахр» переводится как «гордость», «слава», «честь», а «дин» — «вера», «религия». Вместе имя означает «гордость веры» или «слава религии». Это типичный для исламского мира теофорный антропоним — имя, прославляющее религиозные ценности. В русской транскрипции оно могло писаться и как Фахриддинов, и как Фахирдинов — второй вариант, скорее всего, результат упрощения произношения или местного диалектного говора.

Суффикс «-ов» в конце фамилии — чисто русское добавление, которое произошло при паспортизации. В XIX–XX веках, когда тюркские народы получали документы на русском языке, к их именам добавляли стандартные фамильные окончания: для мужчин «-ов» или «-ев». Таким образом, Фахирдинов буквально означает «сын Фахирдина» или «принадлежащий роду Фахирдина». Без этого суффикса, в исходной форме (Фахирдин), это имя до сих пор бытует как личное у татар, башкир, казахов и народов Кавказа.

Географически фамилия Фахирдинов наиболее вероятна у татар (особенно казанских или сибирских) и башкир. Встречается она и у представителей кавказских народов, например, у аварцев или лезгин, где арабские имена с корнем «фахр» также популярны. Однако в любом случае носитель этой фамилии — потомок человека, которого в честь религиозного достоинства назвали Фахирдином. Сословно это могли быть и муллы, и простые крестьяне, и купцы — имя не давало привилегий, но указывало на набожность семьи.

Редкость фамилии в том, что её основа не затерта до неузнаваемости: в ней хорошо читается арабский корень «фахр», который дал множество имён (Фахри, Фахретдинов, Фахрутдинов). Фахирдинов — более компактный вариант, без промежуточного «т», что делает его звучание чуть более мягким. Если искать однокоренные аналоги, то ближе всего стоят Фахриев (от усечённой формы имени) и Фахрутдинов (с добавлением «ут» — «лучший из веры»).