Фамилия Фамильный — редкий случай, когда русская фамилия образована не от имени, профессии или прозвища, а от заимствованного слова, которое к тому же долго было термином. В основе лежит латинское familia — «семья, домочадцы», которое через польское или немецкое посредничество попало в русский язык в значении «род, семья». В XVIII–XIX веках слово «фамилия» в быту часто заменяло современное «семья»: «вся наша фамилия» значило «все наши родные».

Фамилия эта — искусственная или семинарская, то есть её давали в духовных училищах и семинариях. Священникам и их детям часто присваивали фамилии по торжественным или книжным понятиям: Благочестивый, Преображенский, Добронравов. Фамильный мог получить ученик, который отличался крепкими семейными узами или происходил из известного рода священнослужителей. Иногда такую фамилию давали сироте, которого взяли на воспитание в семинарскую семью, — как напоминание о том, что теперь его «фамилия» — это духовное братство.

Суффикс -ый, а не стандартное -ов или -ин, указывает на прилагательное в полной форме. В русской ономастике это характерно именно для семинарских фамилий (Рождественский, Сретенский), но Фамильный обходится без типичного -ск-, что делает её похожей на прозвище, застывшее в документах. Встречается она преимущественно в центральных губерниях России, где были сильны духовные учебные заведения, — в Тверской, Ярославской, Костромской.

Стоит заметить, что фамилия Фамильный не имеет отношения к современному значению слова «фамилия» как наследственного родового имени. Для предка носителя это было скорее указание на принадлежность к «фамилии» в старом смысле — к дому, роду, общине. Так что, вопреки кажущейся тавтологии, фамилия Фамильный — не про саму себя, а про семейный уклад, который в XIX веке старались подчеркнуть в духовном сословии.