Фамилия Фархшатов — редкий пример тюрко-персидского имени, получившего русскую фамильную форму. Её основа — составное мужское имя Фархшат, которое восходит к двум корням: арабско-персидскому «фарх» (счастье, радость, удача) и «шат» (радостный, весёлый). В буквальном переводе имя означает «счастливый» или «несущий радость». Это типичный для мусульманских имён случай удвоения смысла, когда оба компонента подчёркивают одну и ту же положительную характеристику. Фамилия образована по русской модели с суффиксом -ов, который в Поволжье и Приуралье часто добавляли к тюркским и башкирским именам при русификации. Ударение, скорее всего, падает на второй слог: Фархша́тов.

Географически фамилия почти наверняка происходит из среды башкир или татар, для которых характерны имена с элементом «шат». В башкирском языке «шат» — «радостный», «весёлый», поэтому имя Фархшат могло быть и чисто башкирским. Встречается она преимущественно в Башкортостане и соседних регионах, реже — в Татарстане и Челябинской области. Среди носителей преобладают сельские жители, что указывает на крестьянское происхождение: фамилия не была аристократической и не попала в дворянские родословные книги.

Словообразовательная модель Фархшатов — одна из самых прозрачных для поздних фамилий тюркского происхождения. Суффикс -ов указывает на патроним: «сын Фархшата». Интересно, что само имя Фархшат почти не встречается в современных справочниках мусульманских имён, оно вышло из употребления. Это делает фамилию своеобразным архивом: по ней можно реконструировать забытое имя, которое носил предок нынешних Фархшатовых. Если сравнивать с однокоренными фамилиями (Фархутдинов, Фархиев), то Фархшатов стоит особняком — в ней нет религиозного компонента («дин» — вера) или арабского суффикса, только чисто тюркская основа.

В документах фамилия могла записываться по-разному: Фархшатов, Фаркшатов, Фаршатов. Вариант с буквой «к» вместо «х» — результат местного произношения или ошибки писарей. Также стоит отметить, что фамилия не имеет никакого отношения к русскому слову «фарш» или «фаршировать» — это случайное звуковое совпадение, которое иногда сбивает с толку при беглом взгляде.