Фамилия Фаршатов — редкий случай в русском ономастиконе, где тюркский корень спрятан за русским суффиксом. Основа здесь — мужское имя Фаршат, а точнее его вариант, восходящий к арабскому Фархад (или Фаршад). В переводе с персидского это имя означает «счастливый», «радостный», хотя есть и более прозаическая версия — «высокий, видный». В тюркских языках, особенно у башкир и татар, имя Фаршат (иногда в форме Фаршад) бытовало как самостоятельное, а не как вариант Фархада.

Суффикс -ов указывает на типичную русскую модель образования фамилий от отчества: Фаршатов — буквально «сын Фаршата». Такая модель закрепилась в среде крещёных тюркских народов или тех, кто попал в русскую административную систему в XVIII–XIX веках. Фамилия не могла возникнуть раньше середины XVI века, когда подобные патронимы начали массово передаваться по наследству, а её географическое ядро, скорее всего, — территории современного Башкортостана, Татарстана или Оренбуржья.

Интересно, что фамилия сохранила редкое имя-основу: Фаршат встречается в метрических книгах XIX века гораздо реже, чем Фархад или Фаргат. Поэтому носители Фаршатовых — потомки, вероятно, одного или нескольких родов, где имя Фаршат было традиционным. Встречаются варианты написания через «д» (Фаршадов), но они ещё более редки и могут указывать на азербайджанские или иранские корни.

В отличие от многих фамилий, где суффикс -ов присоединяли к прозвищам, здесь прозрачная патронимическая связь. Это значит, что предок носителя фамилии звался Фаршатом, и его социальный статус мог быть любым — от крестьянина до муллы, но в любом случае он жил в среде, где арабские имена через тюркское посредничество проникали в быт.