Фамилия Фаткуллина образована от восточного мужского имени Фатхулла, которое в переводе с арабского означает «победа принадлежит Аллаху». Это составное теофорное имя, где первая часть «фатх» — «победа, открытие», а вторая — «Аллах». Имя Фатхулла было широко распространено у татар, башкир и других народов, исповедующих ислам, что указывает на тюркско-мусульманские корни рода.

Формант «-ин» в фамилии указывает на принадлежность: Фаткуллина — «дочь или жена Фаткуллы». В русской ономастике суффикс «-ин» традиционно присоединялся к основам на «-а» или «-я», но в данном случае он адаптировал восточное имя к славянской модели словообразования. Мужской вариант фамилии — Фаткуллин, женский — Фаткуллина, и оба они закрепились в документах после переписи населения, когда у татар и башкир начали массово фиксировать наследственные родовые именования.

Процесс формирования фамилий у восточных народов Поволжья и Приуралья растянулся на несколько столетий. До XIX века многие тюрки обходились именем и отчеством, а фамилии появлялись у них позже, чем у русских, часто — при взаимодействии с административной системой Российской империи. Поэтому точно определить место и время возникновения рода Фаткуллиных можно только через генеалогические изыскания: метрические книги, ревизские сказки и списки населённых мест.

Стоит различать фамилию Фаткуллина и близкие по звучанию варианты: Фатхуллин, Фаткулов, Фаттахов. Все они восходят к разным формам одного корня, но Фаткуллин — это усечённая и облегчённая в произношении версия имени Фатхулла, где гортанный звук «х» редуцировался. Такая фонетическая адаптация типична для татарского языка, где сложные арабские сочетания упрощались в бытовой речи.

Носительницы фамилии Фаткуллина чаще всего встречаются в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской и Челябинской областях, а также в диаспорах за пределами России. Фамилия не принадлежала к дворянским родам, но и не была чисто крестьянской: её носили муллы, торговцы, ремесленники и зажиточные крестьяне, что отражает социальную пестроту тюркского населения. Сегодня Фаткуллина — распространённая фамилия, сохранившая память о глубокой религиозной традиции предков, для которых имя было не просто прозвищем, а молитвой и символом веры.