Фамилия Фаткуллина восходит к восточному мужскому имени Фатхулла, которое переводится на русский язык как «победа принадлежит Аллаху». Процесс формирования фамилий был достаточно длительным, поэтому окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода Фаткуллиных можно лишь на основании генеалогических исследований.