Фамилия Фаворицкая — редкий случай в русском ономастиконе, где иностранное по духу слово стало основой для фамилии с типично русским суффиксом. В отличие от массовых фамилий на -ов/-ев или -ин, эта образована по модели притяжательных прилагательных на -цк(ий), характерной для польской и украинской шляхты, а затем усвоенной русским дворянством и духовенством. Корень здесь — «фаворит», слово, пришедшее в русский язык из французского (favori) через польское посредничество и означавшее любимца, приближённого, пользующегося особым покровительством высокопоставленного лица.

Скорее всего, фамилия Фаворицкий/Фаворицкая возникла в среде духовенства. В семинариях XVIII–XIX веков было принято давать будущим священникам «благозвучные» фамилии, часто латинские или греческие по корню, но нередко использовали и слова из светского обихода, переосмысляя их в положительном ключе. Фаворицкий мог означать «любимый Богом» или «пользующийся особой милостью» — не в смысле придворного угодника, а в смысле человека, отмеченного благодатью. Такая фамилия могла быть присвоена ученику за успехи в учёбе или просто по желанию начальства семинарии.

Другая, менее вероятная версия связывает фамилию с названием населённого пункта. В Польше и на западе Украины существовали местечки с корнем «фавор» (от латинского favor — благосклонность), но топоним Фаворицы или Фаворицк не зафиксирован в доступных источниках как распространённый. Если такая географическая привязка и была, то локальная и не оставившая следа в крупных справочниках.

Суффикс -цк(ий) указывает на то, что фамилия изначально бытовала в форме прилагательного, отвечающего на вопрос «чей?» или «откуда?». В дворянской среде такие фамилии часто закреплялись за поместьями, но для Фаворицкой это маловероятно — слишком «говорящее» и книжное значение. Скорее всего, это искусственная фамилия, созданная в учебном заведении. Женская форма Фаворицкая, соответственно, указывает на принадлежность к роду или семье носителя фамилии Фаворицкий.

В современных базах данных фамилия встречается крайне редко, преимущественно в России и на Украине, что подтверждает её искусственное происхождение — такие фамилии не давали массовой «прибавки» населения, как крестьянские прозвища. Сравните с однокоренными, но более частыми фамилиями Фаворитов или Фаворин — они образованы проще, без суффикса -цк, и чаще встречаются в купеческой или мещанской среде, где прозвище «Фаворит» давали за внешность или характер. Фаворицкая стоит особняком: её форма выдает либо семинарское, либо шляхетское происхождение, но с явным книжным оттенком.