Фамилия Федышена — женская форма, образованная от мужской фамилии Федышен, которая в свою очередь построена по очень редкой для русских фамилий модели. Чтобы понять её происхождение, нужно разобрать не только корень, но и необычный суффикс.

В основе лежит имя Федя — производная форма от крестильного имени Феодор (в народном произношении Фёдор). Однако в фамилии мы видим не привычный суффикс принадлежности -ин (как в Федине) или -ов (Федоров), а суффикс -ыш-. В русском языке суффикс -ыш- обычно образует названия детёнышей (гадёныш, малыш) или предметов по характерному признаку (глупыш, крепыш). Применительно к имени он мог означать «маленький Федя» или «сын Феди» — то есть Федыш — это уменьшительно-ласкательное или, что вероятнее, прозвищное имя для ребёнка или младшего в роду.

Далее фамилия образовалась с помощью суффикса -ен- (Федыш + ен), который в восточнославянских фамилиях встречается редко. Чаще всего он характерен для украинских фамилий (например, Коваленко, Шевченко), где указывает на потомка («чей?» — Федышенко, то есть «Федышев сын»). В русском варианте фамилия могла подвергнуться сокращению: от полного Федышенко осталась форма Федышен. Таким образом, Федышена — это «жена или дочь Федышена», то есть потомка человека по прозвищу Федыш.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и украинским землям, где такие суффиксальные модели были распространены. Предки носителей фамилии, скорее всего, были крестьянами или казаками — в дворянской среде подобные «полуотчества» на -ен встречаются крайне редко. Вероятный путь: сначала человека звали Федя, его сына — Федыш (как ласкательное или для отличия от отца), а внука уже записали как Федышен. Фамилия Федышена — живое свидетельство того, как разговорные формы имён и региональные словообразовательные традиции закреплялись в официальных документах.