Фамилия Феклюнин — один из тех случаев, когда за необычным звучанием стоит простое и ясное происхождение. В её основе лежит каноническое женское имя Фёкла, которое в народном произношении нередко звучало как Фекла или Фекля. Уменьшительно-ласкательная форма от него — Феклюня — и дала начало фамилии.

Принадлежность к роду Феклюниных закреплена типичным русским суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — Феклюнин, то есть сын или потомок Феклюни. Такая модель образования — через женское имя — в русской ономастике встречается реже, чем через мужское, и часто говорит о том, что родоначальником семьи была женщина, имевшая влияние или оставившая заметный след в крестьянской общине. Вдова, солдатка, мать, воспитавшая детей одна, — в подобных ситуациях прозвище по матери закреплялось за детьми и передавалось дальше.

Само имя Фёкла (греч. Thekla — «божья слава») было распространено на Руси, особенно в крестьянской и мещанской среде, но к концу XIX века стало считаться простонародным и вышло из моды. Феклюнин — фамилия не аристократическая, а скорее деревенская, северная или среднерусская. Встречается она в основном в бывших губерниях Вологодской, Костромской, Вятской, а также в Поволжье — там, где имя Фёкла в народных говорах давало много производных форм.

Любопытно, что при всей прозрачности этимологии фамилия остаётся сравнительно редкой. Её не стоит путать с более частыми Фёклиным или Феклистовым: суффикс -юн- (-ун-) в основе указывает на ласкательный или шутливый оттенок прозвища. Феклюней могли называть не просто дочь Фёклы, а, скажем, внучку или девушку с весёлым нравом — так уменьшительная форма закреплялась в быту и затем переходила в фамилию.