Фамилия Фидорин образована от имени или прозвища, в основе которого лежит греческое имя Федор (от Θεόδωρος — «дар Божий»), но через диалектную или просторечную форму «Фидора». В русских говорах, особенно в южных и западных регионах, имя Фёдор нередко произносили как «Хведор» или «Фи́дор» — с заменой начального «ф» на более твёрдое или, наоборот, с сохранением греческого звучания. Отсюда пошли фамилии Фидорин, Фидоров, Фидорин.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Фидорин — «чей?» — сын или потомок Фидоры. Это типичная модель русских фамилий от личных имён, распространённая в XVI–XVII веках среди крестьян и посадских людей. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще образовывались от прозвищ или профессий, -ин закреплялся за основами на -а/-я, поэтому «Фидора» дала именно «Фидорин», а не «Фидоров».

Встречается фамилия в основном в центральных и южнорусских областях, а также у украинцев — в форме Фідорин. По данным переписей XIX века, носители Фидорина чаще всего были государственными крестьянами, реже — мещанами. Дворянских ветвей с такой фамилией не зафиксировано, что подтверждает её народное, «низовое» происхождение.

Интересная деталь: в некоторых говорах «фидора» могло быть не только формой имени, но и прозвищем для человека с причудами или, наоборот, для упрямца — от глагола «фидорить» (капризничать, упрямиться). Однако это значение локальное и не отражено в общерусских словарях. Основная версия — именная, и она надёжнее.