Фамилия Фильчагин восходит к церковному мужскому имени Филипп, которое в переводе с древнегреческого языка означает «любитель лошадей». Оно имело ряд производных просторечных форм, одна из которых — Фильчага — и легла в основу данной фамилии. Согласно другой, менее правдоподобной гипотезе, фамилия Фильчагин восходит к прозвищу Фильчага. Оно ведет свое начало от нарицательного «филя», которое во многих областях имело значение «простофиля, простак, разиня». в таком случае данной прозвище указывало на черты характера предка: добродушный, наивный.