Фамилия Фильчугина — редкая и неоднозначная с точки зрения происхождения, что делает её особенно интересной для разбора. В основе фамилии лежит прозвище или имя Фильчуга, а ключ к разгадке — в суффиксе -уг(а). В русской ономастике этот суффикс часто придаёт слову уничижительный или шутливый оттенок, обозначая человека по яркой, часто нелепой черте: вспомним фамилии Ворчунов, Крикунов или Толстогузов. Соответственно, Фильчуга — это, вероятно, пренебрежительное прозвание от канонического имени Филипп (в просторечии — Филя, Филька). «Фильчуга» могло означать «этакий Филька», «большой или нерасторопный Филя», что указывает на характер или внешность конкретного человека.

Менее вероятна, но возможна версия, связывающая основу с диалектным словом. В некоторых говорах «фильчуга» могло означать нечто вроде «простофиля» или «разгильдяй» — то есть прозвище, данное за безалаберность. В любом случае, это не профессиональное и не географическое прозвание, а личное, внутрисемейное.

Форма Фильчугина — это притяжательное прилагательное от Фильчуга с суффиксом -ин, указывающим на принадлежность. В русской традиции такие фамилии в первую очередь закреплялись за женщинами (жена Фильчуги — Фильчугина), а в мужском варианте звучали бы как Фильчугин. Встречаемость фамилии крайне низкая, она не входит в списки распространённых русских фамилий и, скорее всего, имеет локальное бытование — возможно, в северных или центральных регионах России, где суффикс -уг(а) был активнее в народной речи.

Интересно, что фамилия избежала «облагороженной» формы на -ский, характерной для дворянства и духовенства. Фильчугины — однозначно крестьянская или мещанская среда, где прозвище закрепилось в быту и позже было записано в метрики. Это не «княжеская» и не «семинарская» фамилия, а живое свидетельство того, как в деревне могли окрестить человека за глаза.