Фамилия Филиманихин — редкий случай, когда в основе лежит не имя, а народная форма имени, прошедшая через два этапа переосмысления. В этом её главная особенность и сложность для разбора.

Исходное имя — Филимон (от греческого «филео» — любить). В русской бытовой речи оно часто звучало как Филиман: звук «н» в суффиксе «-мон» упростился или перешёл в «-ман» под влиянием других имён (Роман, Карман). Этот переход закрепился в фамилиях вроде Филиманов, Филиманцев.

Но в фамилии Филиманихин работает иная модель — патроним на «-ихин». Суффикс «-их(а)» в русских говорах образовывал женские прозвища: жену называли по мужу — Филиманиха (жена Филимана). Затем от этого женского прозвища по модели «-ин» образовали фамилию для детей или потомков: Филиманихин — буквально «чей?» — сын Филиманихи. Такая цепочка (мужское имя → женское прозвище → фамилия) характерна для северных и северо-восточных областей России (Вологодчина, Архангельская, Вятка, Пермь), где суффиксы «-их/-ых» и «-ихин» особенно распространены.

Вторая версия, менее вероятная, — что основа напрямую от диалектного прозвища «Филиманиха» (например, так могли прозвать женщину за сходство с какой-то Филимоншей или за особую манеру поведения), но и в этом случае фамилия остаётся «матронимической», указывающей на мать или хозяйку дома.

Фамилия недвусмысленно говорит о социальном происхождении: это крестьянская или мещанская среда. Дворянские фамилии так не образовывались — они предпочитали суффиксы «-ов» и «-ский». Филиманихин — «гнездовая» фамилия, которая почти не встречается за пределами тех мест, где жили её первые носители. В современных справочниках она фиксируется как очень редкая.