Фамилия Филимоненков — один из тех редких случаев, когда по суффиксу можно безошибочно определить регион, где она возникла. Если бы вы искали родственников в паспортном столе, первым делом стоило бы смотреть в сторону юга России: типичный «южнорусский» суффикс -енков указывает на территорию нынешних Воронежской, Белгородской, Ростовской областей или Ставрополья. Это не московская и не петербургская фамилия, а именно та, что вышла из гущи чернозёмных губерний.

В основе фамилии лежит крестильное имя Филимон. Так звали одного из ранних христианских святых, а само имя греческого происхождения и переводится как «любящий», «милый». В старину имя было распространено среди простого люда, поэтому и фамилий от него образовалось много: Филимонов, Филимонихин, Филимонцев. Филимоненков стоит в этом ряду особняком.

Словообразовательная цепочка проста и прозрачна. Сначала от имени Филимон появилось уменьшительное или обиходное Филимоненко — так в тех краях называли сына, наследника, «Филимонова отпрыска». А уже потом, когда фамилии начали закрепляться и передаваться по документам, к этой форме добавили привычный великорусский суффикс -ов, чтобы получить притяжательное прилагательное. Так и получился Филимоненков — буквально «сын Филимоненка», то есть внук или потомок человека по имени Филимон.

Интересно, что двойное оформление выдает историю миграции. Первоначально фамилия звучала как Филимоненко и принадлежала украинскому или южнорусскому роду. Когда носители переселялись севернее, в губернии с более «окающим» населением, местные писари и священники, привыкшие к фамилиям на -ов, машинально добавляли окончание. Так что появление буквы «в» на конце — не ошибка и не искажение, а живой след того, как люди двигались по стране и как язык подстраивался под новые места.

Прозвищная или профессиональная версия здесь не работает: в основе исключительно каноническое имя, без намёка на ремесло или черту характера. Никакой дополнительной смысловой нагрузки, кроме родства, фамилия не несёт. Поэтому искать в ней указание на занятие предков не стоит — это чистая патронимия, то есть фамилия по отцу, возведённая в третье поколение.

Сейчас фамилия встречается нечасто, что делает её хорошим маркером для генеалогического поиска. Если ваши предки носили Филимоненков, то почти наверняка их корни — в среде крестьянства или казачества южных окраин Российской империи, где такие формы именования были обычным делом.