Фамилия Филипнко — редкий случай, когда написание подсказывает правильное ударение: на второй слог, Фи-ли́п-нко. Это украинская фамилия, образованная по продуктивной модели с суффиксом -енко, который в украинской ономастике означает «сын» или «потомок». Однако в данном написании мы видим не -енко, а -нко — это орфографический вариант, который возник из-за того, что в разговорной речи конечный безударный гласный мог редуцироваться, а на письме это закрепилось в виде стяжённой формы. Полный вариант — Филипенко — встречается гораздо чаще, а Филипнко — его более редкая, усечённая параллель.

Основа фамилии — имя Филипп, которое пришло в русский и украинский языки из греческого Philippos, что означает «любитель коней» (phileo — люблю, hippos — конь). В христианской традиции это имя носил один из двенадцати апостолов, поэтому оно было широко распространено на Руси после Крещения. От имени Филипп образовалось множество фамилий: Филиппов, Филипьев, Филиппенко, Филипчук, Филипский. Филипнко стоит в этом ряду как характерная украинская форма, указывающая на прямого потомка человека по имени Филипп: буквально «Филиппов сын».

Географически фамилия тяготеет к центральным и восточным областям Украины, особенно к Полтавщине и Черкащине, где фамилии на -енко особенно типичны. В России она встречается редко, чаще всего у потомков переселенцев с Украины в XIX–XX веках. Интересно, что в написании Филипнко могла закрепиться и под влиянием белорусской орфоэпии, где в суффиксе -енко звук «е» в безударной позиции произносится как нечто среднее между «е» и «и», что на письме иногда передавали буквой «и».

Социальный контекст: как и большинство фамилий на -енко, Филипнко изначально была фамилией крестьян и казаков, а не дворянства. В реестрах Войска Запорожского конца XVIII века встречаются многочисленные Филипенки, а форма Филипнко — её локальный, возможно, писарский вариант, который не прижился в официальном делопроизводстве, но сохранился в семьях.

Таким образом, фамилия Филипнко — это не ошибка и не искажение, а живой диалектный вариант распространённой украинской фамилии, который говорит о происхождении предка из среды, где имя Филипп было обычным, а суффикс -енко — главным способом назвать сына по отцу.