Фамилия Филяев не имеет единого и очевидного источника — ономасты предлагают как минимум три версии, и каждая по-своему убедительна. Самая редкая и потому особенно интересная гипотеза связывает фамилию с топонимом. В Кинешемском районе существует населенный пункт Филяй, и выходца оттуда вполне могли прозвать Филяем, а его потомки уже стали Филяевыми. Такой путь — от названия микрообъекта к прозвищу и далее к фамилии — типичен для русской сельской ономастики, хотя обычно мы ищем в основе фамилии личное имя или ремесло, а не географическую привязку.

Более привычная версия отталкивается от нарицательного «филя» — так в старину называли простака, недалекого или рассеянного человека. Слово это звучало не обидно, скорее с насмешливой жалостью, и прозвище Филяй могло закрепиться за тем, кто вечно всё забывал, терял или смотрел по сторонам. В этом случае фамилия относится к разряду «характерологических» — таких, что описывают поведение родоначальника, а не его занятие или происхождение.

Третья версия выводит Филяя из уменьшительной формы имени Филипп. Сокращения вроде Филя, Филяй, Филька были обычны в народной среде, а само греческое имя Филипп переводится как «любитель лошадей». Если принять эту гипотезу, фамилия Филяев — просто отчество, отвечающее на вопрос «чей сын?» — сын Филяя, то есть Филиппа. Она правдоподобна, поскольку модель «имя + суффикс -ай» встречается в русских прозвищах часто, но именно для Филяя документальных подтверждений, что это было имя, а не прозвище, нет.

Судьба фамилии прослеживается по региональным Книгам памяти, где оцифрованы данные о репрессированных и пропавших без вести. В Омской книге упоминается Авраам Иванович Филяев, родившийся в 1899 году в Конотопском уезде Харьковской губернии. Во Владимирской книге есть запись об Александре Ивановиче Филяеве 1898 года рождения из деревни Старая Александровского района. Нижегородская книга сообщает об Андрее Константиновиче Филяеве 1924 года рождения из села Сарминский Майдан Вознесенского района. Эти разбросанные по стране записи показывают, что фамилия встречалась и в украинских губерниях, и в центральной России, и в Поволжье — что согласуется с любой из трех версий происхождения.

Какую из них считать основной? Скорее всего, фамилия неоднородна по происхождению: в разных местностях она могла возникать независимо и от имени Филипп, и от прозвища простака, и от названия деревни. Для конкретной семьи ответ дает только генеалогическое исследование: если предки жили рядом с Кинешемским районом, топонимическая версия становится почти бесспорной, а в остальных случаях разумнее предполагать имя или прозвище.