Фамилия Фисиненко в основе своей имеет просторечную форму Фися старинного крестильного имени Афанасий. С греческого это имя переводится как «бессмертие», и в русской традиции оно давалось при крещении. Однако в быту, особенно в крестьянской и мещанской среде, полное церковное имя часто заменяли короткими домашними прозвищами — так Афанасий превращался в Афоню, Фоню, а в некоторых говорах и в Фисю.

От этой уменьшительной формы и пошла фамилия. Модель образования здесь классическая для украинских и южнорусских земель: к основе Фися добавили суффикс -енко, который указывает на «сына» или потомка. То есть Фисиненко буквально означает «сын Фиси», а сама фамилия закрепилась за детьми человека, которого в округе знали под этим прозвищем. Такой тип фамилий особенно характерен для Левобережной Украины и юга России, где суффикс -енко стал доминирующим уже в XVII–XVIII веках.

Интересно, что написание с двумя «с» — Фисиненко, а не Фисенко — говорит о том, что в основе лежала именно полная форма Фися, а не сокращённая Фись. Это редкий случай, когда уменьшительное имя сохранило свой исходный вид в фамилии. Встречаются и параллельные варианты: Фисенко, Фисун, Фисюк, которые образованы от тех же корней, но с другими суффиксами.

Скорее всего, основатель рода Фисиненко был человеком из простого сословия. Фамилии на -енко в массе своей возникали в среде крестьян, казаков и мещан, а не в дворянских кругах, где предпочитали более книжные формы на -ов и -ин. Само прозвище Фися звучало по-домашнему, без намёка на знатность, что тоже подтверждает народное происхождение фамилии.

Сам корень Афанасий был очень популярен на Руси, поэтому и производных от него фамилий много: Афанасьев, Афонин, Фонин, Фомин (хотя последний чаще связывают с Фомой). Фисиненко стоит в этом ряду особняком — из-за редкой промежуточной формы, которая сохранилась только в отдельных регионах. Если ваши предки носили эту фамилию, можно предположить, что их семейная история уходит корнями в украинские или южнорусские сёла, где имя Фися было в ходу.