Фамилия Фисенко образована от имени собственного и относится к распространенному типу украинских фамилий, на что указывает суффикс -енко. Основой фамилии Фисенко послужило мирское имя Фиса. Фамилия Фиськов восходит к женскому имени Анфиса (греч. «цветущая»), а точнее к уменьшительной форме – Фиса (Фися). Фамилии, образованные от женского имени, не так часты и могли иметь место в том случае, если женщина одна воспитывала детей. Покровительницами данного имени считались Анфиса Мантинейская, игумения, исповедница, пострадавшая за почитание святых икон, и Анфиса (Анфуса) Новая, мученица, которая была брошена в глубокий колодец за проповедование веры Христовой. Среди однофамильцев - известный советский архитектор Фисенко Анатолий Степанович, один из зачинателей советской архитектуры промышленных зданий и сооружений. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Фиса, со временем получил фамилию Фисенко.