Фамилия Фисюков — одна из тех, чей корень спрятан за двумя буквами, и без этимологического зонда тут не обойтись. Её основа — Фисюк. Это не полное имя, а уменьшительная или, скорее, обиходная форма от крестильного имени Феодосий (в просторечии — Федос, Федосей) или, реже, от Досифей. В народной речи, особенно в южнорусских и украинских говорах, «Федос» легко превращалось в «Фис»: отсекали первый слог, а затем добавляли типичный фамильный суффикс -юк. Так Феодосий становился Фисюком, а его сын — Фисюковым.

Суффикс -юк в фамилии Фисюков — ключевая деталь, указывающая на географию. Такие фамилии (на -юк, -ук) массово формировались на территории современной Украины, в частности на Волыни, Подолье и в Галиции. В отличие от великорусских фамилий на -ов/-ев, которые могли принадлежать и крестьянину, и боярину, украинские фамилии с этим суффиксом чаще всего были крестьянскими или казацкими. Они не указывали на владельца земли, а просто обозначали «сына такого-то» или «человека из рода такого-то». Таким образом, предок носителя фамилии Фисюков с большой вероятностью был не помещиком, а свободным или зависимым крестьянином, либо казаком, которого в документах записали по отцу — Фисюку.

В русских переписных книгах фамилия Фисюков фиксируется поздно, преимущественно с XVIII—XIX веков, когда начался массовый учёт населения в южных губерниях. Встречается она в Курской, Воронежской, Харьковской губерниях — на стыке великорусского и малороссийского влияния, где украинский суффикс -юк «обрусел» и получил стандартное русское окончание -ов. В современной России фамилия редкая, её очаги сохранились в Белгородской и Ростовской областях, а также в Краснодарском крае, куда в XIX веке переселялись крестьяне с Украины.

Интересно, что в некоторых говорах слово «фисюк» могло быть и прозвищем — так называли хилого, тщедушного человека (от «фис» — свист, шипение, или от диалектного «фиснуть» — ударить слабо). Но это лишь народная этимология, не подкреплённая документальными источниками. Основная версия — через имя Феодосий — остаётся самой надёжной.