Фамилия Флера — редкая, и её происхождение, скорее всего, не связано с русским крестьянским или боярским миром. С точки зрения словообразования, фамилия не содержит типичных русских суффиксов (-ов, -ин, -ский). Это указывает на то, что она могла быть заимствована или образована по иной модели.

Наиболее вероятная версия — итальянское или латинское происхождение. В итальянском языке слово `fiera` означает «ярмарка» или «праздник», а в латыни `flos, floris` — «цветок». Однако ударение в фамилии Флера (на первый слог) и её написание через «е» сближают её с женским именем Флёра (от лат. Flora — «цветущая»). В таком случае фамилия могла быть образована от имени матери или жены, что характерно для некоторых регионов Западной Украины, Беларуси или еврейских местечек, где бытовали матрилинейные фамилии (по имени матери).

Вторая версия — искусственное происхождение. В XIX веке в России и Польше давали фамилии воспитанникам духовных семинарий. Семинаристы нередко получали «цветочные» фамилии: Розов, Лилеев, Фиалковский. Флера могла стать латинизированной формой от слова «флер» (фр. fleur — цветок) или прямой калькой с Flora. Такую фамилию мог получить ученик за успехи в ботанике или просто по решению начальства.

География фамилии сегодня показывает, что она встречается в России (чаще всего в Санкт-Петербурге и Москве), на Украине и в странах Прибалтики. В отличие от массовых фамилий, Флера не имеет чёткой привязки к одному сословию: её носителями могли быть и потомки обрусевших итальянцев, и бывшие семинаристы, и еврейские семьи, переехавшие в города в период «оседлости». Из-за редкости фамилия не попала в классические словари русских фамилий (Унбегауна, Никонова), что подтверждает её нерусское или позднее происхождение.