Фамилия Флерин — редкий случай в русском ономастиконе. Её основа, скорее всего, не славянская, а латинская, что сразу выделяет носителя среди окружения. В основе лежит латинское слово flos (родительный падеж floris) — «цветок». От него образовано прилагательное floreus — «цветочный». В русский язык это слово попало через церковнославянский и книжную традицию: «флер» или «флёр» в значении «цветение», а также как часть имени Флор.

Фамилия Флерин — притяжательное прилагательное с суффиксом -ин, отвечающее на вопрос «чей?». Она указывает на принадлежность человеку по имени или прозвищу Флера. Имя Флера — это русская народная форма канонического мужского имени Флор (или Фрол). Святой Флор (в паре с Лавром) почитается как покровитель лошадей, и до революции имя было распространено среди крестьян. Соответственно, Флерин — потомок человека по имени Флера, то есть «Флерин сын».

Есть и другая версия, менее вероятная, но возможная для духовного сословия. В семинарских кругах было принято давать фамилии от латинских корней, чтобы придать им «учёный» вид. Фамилия Флоринский (от flos) — типичная семинарская. Флерин могла возникнуть как её упрощённая форма, но в таком случае суффикс -ин нетипичен: для искусственных фамилий чаще брали -ский. Поэтому версия с прозвищем или именем Флера выглядит убедительнее.

Географически фамилия тяготеет к центральным и южным регионам России, где имя Фрол (Флор) было особенно популярно. Встречается она редко, и это делает её ценной для генеалогии: найти Флериных в дореволюционных метриках проще, чем обладателей массовых фамилий, — их круг узок.

Сравните с однокоренными: Флоров, Фролов (от той же основы, но через народную форму), Флоринский. Флерин стоит особняком — она короче, звучит «по-домашнему» и прямо указывает на отчество, а не на книжное происхождение. Так что предок носителя этой фамилии был, скорее всего, крестьянином или мещанином по имени Флера, а не семинаристом.