Фамилия Фодин — редкий случай, когда основа почти наверняка связана с крестильным именем, но точное исходное имя неочевидно. Сама модель образования проста: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»), то есть Фодин — это сын или потомок человека по имени или прозвищу Фодя. Вопрос в том, что скрывается за этим Фодей.

Самая вероятная версия — это производная форма от имени Фаддей. В русском языке каноническое имя Фаддей часто сокращали до Фадя, а в просторечии оно могло озвончиться до Фодя (звук «д» перед «я» смягчается, а в безударной позиции «а» переходит в «о» — явление аканья, закреплённое на письме). Таким образом, Фодин — это «Фаддеев», но через народную, разговорную форму. Фаддей — имя апостола из числа семидесяти, в переводе с арамейского «хвалящий», «восхваляющий».

Менее вероятна, но допустима связь с именем Фотий (греч. «светлый, просвещённый»). От Фотия могли образовать уменьшительное Фотя, а от него — Фодя, но переход «т» в «д» в русских говорах встречается реже, чем замена «т» на «д» в паре Фаддей/Фадя. Поэтому версия с Фаддеем выглядит убедительнее.

Встречается фамилия преимущественно в центральных и южных регионах России, что подтверждает её происхождение от полного имени, а не от редкого местного прозвища. Среди однокоренных — Фадеев (от полной формы имени), Фадин (от Фадя), а Фодин стоит несколько особняком, сохранив в основе народное произношение. Носитель фамилии Фодин может с большой долей уверенности считать своим предком человека по имени Фаддей, которого в быту звали Фодя.