Фамилия Фоломушкин — редкий пример, где основа не очевидна на первый взгляд, а суффикс указывает на конкретный способ образования. В ней выделяется суффикс -ин, который в русских фамилиях обычно присоединяли к основам, оканчивающимся на -а или -я: от имени, прозвища или профессии матери (так называемые «матронимы») либо от прозвища отца в форме притяжательного прилагательного. В данном случае — от прозвища Фоломушка.

Само прозвище Фоломушка — это, скорее всего, производное от имени Фоломей. А Фоломей — народная, разговорная форма канонического имени Варфоломей (апостольское имя, в переводе с арамейского «сын вспаханной земли»). В русской устной традиции начальное «Вар» нередко редуцировалось, а «ф» появлялось вместо «в» под влиянием греческого произношения: Варфоломей → Фоломей. Уменьшительно-ласкательный суффикс -ушк- (Фолом + ушк + а) дал прозвище Фоломушка — так в быту могли звать человека по имени Фоломей.

Фамилия Фоломушкин, таким образом, означает «сын Фоломушки» или «потомок Фоломушки». Носитель фамилии — человек из рода, где предка звали Фоломеем, а в семье его называли ласково Фоломушкой.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и центральным областям — там, где имя Варфоломей в форме Фоломей было распространено среди крестьян и посадских людей. В списках однодворцев и государственных крестьян XVIII–XIX веков встречаются Фоломеевы, Фоломкины и Фоломушкины. Фамилия недворянская, «простая» по происхождению — её носили люди из податных сословий.

Стоит отметить, что в написании возможны варианты: Фаламушкин, Фоломушкин (через «а» или «о» в первом слоге). Это результат «акающего» произношения, когда безударное «о» звучало как «а». Но исторически правильная форма — через «о», от Фоломея.

Если коротко: Фоломушкин — потомок Варфоломея, которого в деревне звали Фоломушкой. Фамилия редкая, хранит память о народной переделке церковного имени.