Фамилия Фоломешкина образована от просторечной формы Фоломешка канонического мужского имени Варфоломей. Имя пришло на Русь вместе с христианством, а его первооснову — арамейское Бар-Телеми — обычно переводят как «сын вспаханной земли» или «сын полей». В народной речи многосложное и неудобное для произношения имя быстро превратилось в десятки уменьшительных вариантов: Фоломей, Фоломешка, Фоломеец, Фоломкин. Фамилия Фоломешкина закрепила именно ту форму, которая звучала в быту, а не в церковном обиходе.

За именем стоит и церковная история. Варфоломей — один из двенадцати апостолов, родом из Каны Галилейской. По преданию, он проповедовал в Армении, где его схватили и казнили. Память апостола православная церковь отмечает 5 мая (по новому стилю — 22 апреля). Для носителей фамилии это не просто дата в календаре: имя-основа напрямую связано с одним из самых ранних учеников Христа.

Словообразовательная модель здесь простая и показательная для русских фамилий XVI–XVII веков. Суффикс -ин присоединяется к основам на -а/-я, отсюда Фоломешкин: сын, внук или потомок человека по прозвищу Фоломешка. Такая форма указывает на принадлежность к роду, где главу семьи звали не полным именем, а ласково или пренебрежительно — как было принято в крестьянской и посадской среде.

Сама основа Фоломешка — разговорный вариант, возникший из-за упрощения начального слога: Вар-фоломей превратился в Фоломей, а затем в Фоломешку. Подобные переходы типичны для живой речи: имя сокращалось до удобного произношения, а суффикс -ешк- придавал ему оттенок фамильярности или уменьшительности. Поэтому, скорее всего, предок Фоломешкиных был выходцем из простого сословия — крестьянином, ремесленником или служилым человеком, чьё имя в документах записали так, как его звали в семье и на улице.

Родственные фамилии — Фоломеев, Фоломин, Фоломкин — встречаются в документах по центральным и северным русским землям, где имя Варфоломей было особенно популярно. Фоломешкина — более редкий вариант, сохранивший архаичную уменьшительную форму. В современных справочниках фамилию нередко ошибочно связывают с греческим словом «фолос» или искажают при записи, но корень у неё однозначно именной, а не прозвищный.