Основой фамилии послужило мирское имя Фоломей. Фамилия Фоломеев восходит к церковному имени Варфоломей. В основе фамилии – его краткая форма Фоломей. Это имя пришло в русский язык из древнегреческого и означает “сын вспаханной земли, сын полей”. Таким образом, потомки человека, обладающего именем Фоломей, со временем получили фамилию Фоломеев.