Фамилия Фомченков восходит к известному мужскому имени Фома, которое в переводе с арамейского языка означает «близнец». Поэтому выражение «Фома неверующий» стало нарицательным для недоверчивого слушателя. Со временем, вероятно, род Фомченко переехал в Россию, где и произошла русификация фамилии путем добавления суффикса -ов.