Фамилия Фомченко образована от имени Фома — одного из самых неоднозначных в русской культуре. В переводе с арамейского оно означает «близнец», а в евангельской традиции закрепилось за апостолом, который усомнился в воскресении учителя. Отсюда и пошло выражение «Фома неверующий», ставшее нарицательным для любого скептика. Однако в народной среде имя жило своей жизнью: в некоторых говорах Фомой называли простоватого, вялого человека, что тоже могло стать основой для прозвища.

Суффикс -енко — типичная украинская модель отчества, указывающая на сына или потомка. Если фамилии на -ов/-ев отвечали на вопрос «чей?» и были распространены в северных русских землях, то -енко закрепилось в южнорусских и украинских регионах. Таким образом, Фомченко — это буквально «сын Фомы», а в более широком смысле — потомок человека по имени Фома или с прозвищем Фома.

Интересно, что полная форма Фомченко, а не сокращённая Фоменко, сохранила больше следов исходного имени. В украинской традиции часто усекали основу, поэтому параллельная фамилия Фоменко встречается чаще. Фомченко же звучит архаичнее и ближе к церковнославянскому произношению, что может указывать на более раннее закрепление прозвища в семье или на влияние книжной традиции.

Прозвищная основа здесь не менее важна, чем имя. Если человек в роду был недоверчивым, упрямым или, наоборот, медлительным и простодушным, его могли прозвать Фомой вне зависимости от крестильного имени. Тогда фамилия Фомченко отражает не имя предка, а его характер или манеру поведения. В этом смысле она родственна таким фамилиям, как Фомин, Фоминцев, Фомочкин, но отличается именно суффиксом, который сразу выдаёт южное происхождение рода.

Сословной принадлежности по фамилии Фомченко не восстановить: её носили и крестьяне, и казаки, и мещане. В документах Российской империи фамилия встречается преимущественно на территории современных Украины, Беларуси и юга России, что подтверждает её региональную привязку. В переписях XIX века Фомченко чаще фиксировали в Черниговской, Полтавской и Харьковской губерниях.

Правописание фамилии устойчиво: с буквой «о» в корне и суффиксом -енко. Вариант Фамченко, который иногда встречается, — следствие аканья в южных говорах, но он не закрепился как нормативный. Современные носители фамилии могут встретить её в формах Фомченков, Фомченко-Иванов и других, но классическая форма остаётся самой распространённой и узнаваемой.