Фамилия Фонин восходит к крестильному мужскому имени Афанасий (в переводе с греческого – «бессмертие»), точнее к его просторечной форме Фоня. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Фоня, со временем получил фамилию Фонин.