Фамилия Фонов чаще всего — это отчество, образованное от имени Фон. Само имя Фон — это не отдельное крестильное имя, а просторечная, «домашняя» форма целого ряда церковных имён. Среди них Софонтий, Софоний (в переводе с еврейского — «Бог защитил»), Трифон (с греческого — «нежный»), Агафон («добро, благо») и Ксенофонт («чужой, чужестранец»). То есть в разных семьях, где отца звали, скажем, Трифоном или Софоном, на бытовом уровне его могли окликать коротким и удобным именем Фон. А уже от этого уменьшительного имени и возникла фамилия Фонов — по стандартной модели «чей сын?» — Фонов, то есть «сын Фона».

Есть и другая, более любопытная версия происхождения, которая связана не с именем, а с прозвищем. В немецком языке частица «фон» перед фамилией указывала на знатное происхождение — «из рода такого-то». В России это звучало как претензия на аристократизм. Ироничное прозвище Фон могли дать человеку, который вёл себя высокомерно, важничал или пытался казаться благороднее, чем был на самом деле. Такой человек «задирал нос», и окружающие подмечали это в прозвище. Потомки этого человека, в свою очередь, получали фамилию Фонов.

Какую версию считать основной? Первая, от имени Фон, выглядит правдоподобнее. Она опирается на широко распространённый в русской ономастике принцип: большинство фамилий с суффиксом -ов/-ев образованы от имён или прозвищ, а не от иноязычных частиц. К тому же имя Фон, пусть и в уменьшительной форме, реально бытовало в русской деревне, тогда как прозвище с отсылкой к немецкому «фон» — это скорее единичный, шутливый случай, который вряд ли дал бы массовую фамилию.

Стоит заметить, что в написании фамилии нет ничего необычного: ударение падает на первый слог, а сама форма Фонов — чисто русская, с типичным «семейным» окончанием. Интересно, что однокоренные фамилии Фонин, Фонькин, Фонякин образованы от тех же самых имён и прозвищ, но с разными уменьшительными суффиксами. Так что родственные по происхождению фамилии могут звучать совсем по-разному.