Фамилия Фонова чаще всего звучит как загадка: приставка «фон» привычно ассоциируется с немецким дворянством, а тут вдруг простая русская фамилия. Разгадка проще, чем кажется. В подавляющем большинстве случаев перед нами не след аристократических корней, а результат народной переработки церковных имён. Основой послужило просторечное имя Фон — сокращённая форма сразу нескольких крестильных имён, которые в быту звучали похоже. Среди них Софонтий (в переводе с еврейского — «Бог защитил»), Трифон (с греческого — «нежный»), Агафон («добро, благо»), Ксенофонт (толкуется и как «чужой, чужестранец», и как «гостеприимный»), а также Софоний, который иногда произносили как Софон или Сафон, — «Господь защищает». Так что, выбирая одну из версий, правдоподобнее остановиться на той, что предок Фоновых носил одно из этих имён, а окружающие закрепили за ним краткую форму Фон. Суффикс -ов указывает на типичную русскую модель отчества-притяжательности: Фонова — буквально «дочь или жена Фона». Судя по просторечной форме имени, основатель рода происходил из рабочей, крестьянской или мещанской среды, где такие сокращения были обычным делом.

Существует и вторая, более редкая и ироничная версия происхождения. Она отталкивается от немецкой частицы «фон», которая в немецких фамилиях указывает на знатное происхождение («из рода такого-то»). В русской среде эту частицу могли превратить в насмешливое прозвище Фон для человека, который вёл себя высокомерно, важничал или пытался казаться благороднее, чем был на самом деле. Такой версии нельзя отказывать в праве на существование, но она выглядит менее убедительной: единичные случаи прозвищ вряд ли создали бы устойчивую фамилию, тогда как имя Фон встречалось в документах повсеместно. Скорее всего, обе линии со временем смешались, и сегодня за фамилией Фонова стоит либо память о предке с крестильным именем, либо редкая шутка над местным «барином». В любом случае, фамилия эта — чисто русская по словообразованию, и её обладательницы могут смело связывать родословную с исконной ономастической традицией, а не с немецкими баронами.