Фамилия Фонова восходит к имени Фон, которое является просторечной формой нескольких крестильных имен: Софонтий — в переводе с еврейского на русский язык означает «Бог защитил»; Трифон — в переводе с греческого означает «нежный»; Агафон — «добро, благо»; Ксенофонт — «чужой, чужестранец, иноземец» или «гостеприимство, радушный прием»; Софоний (Софон, Сафон) — «господь защищает». Скорее всего, основатель рода Фоновых был выходцем из рабочей или крестьянской среды. По другой версии, фамилия Фонова образована от ироничного прозвища Фон, в основе которого лежит немецкая частица «фон» («из рода»), она присоединяется к немецким фамилиям и указывает на знатное происхождение предка. В таком случае, такое прозвище могли дать человеку, который вел себя несколько высокомерно по отношению к окружающим. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Фон, со временем получил фамилию Фонова.