Фамилия Фонинская — довольно редкая и интересная по своей структуре. Она образована по типичной для дворянских и географических фамилий модели с суффиксом -ск- и окончанием -ая. Это указывает на то, что её основа — не личное имя или прозвище, а название места, откуда был родом первый носитель.

Скорее всего, в основе лежит топоним — название населённого пункта вроде Фонино, Фонин или Фонинск. Такие деревни и сёла встречались в разных губерниях Российской империи, особенно в центральной России и Поволжье. Человек, переселившийся из такого места, получал прозвание «Фонинский», то есть «выходец из Фонина». Со временем это прозвание закрепилось как фамилия, а окончание -ая указывает на то, что она принадлежала женщине (в форме женского рода) или была оформлена по адъективному типу, характерному для южнорусских и украинских говоров, а также для польской шляхты.

Само название «Фонино» или «Фонин» почти наверняка происходит от уменьшительной формы личного имени Афанасий — Фоня. В русской народной традиции Афанасий часто сокращался до Фоня (как Степан до Стёпа, а Иван до Ваня). Соответственно, Фонинская — это «фамилия от отчества» в своей основе: сын или дочь Фони, то есть потомок человека по имени Фоня (Афанасий). Таким образом, корень фамилии — просторечное имя Фоня, а суффикс -ск- превращает личное имя в указание на местность или принадлежность к роду.

В отличие от массовых фамилий на -ов/-ев (Фонин, Фонев), форма -ская часто встречалась у духовенства и дворянства, но могла возникнуть и у крестьян, если они переселялись из одной деревни в другую. Сословная принадлежность Фонинских могла быть разной: от священников, бравших фамилии по названию своего прихода, до обедневших дворян, владевших землёй в урочище Фонино. В любом случае, фамилия Фонинская — это живое свидетельство того, как простонародное имя Афанасий через уменьшительную форму и географическую привязку превратилось в редкую и благозвучную фамилию.