Фамилия Фонин образована от имени собственного и относится к распространенному типу русских фамилий. Основой фамилии Фонин послужило церковное имя Афанасий. Фамилия Фонин восходит к крестильному мужскому имени Афанасий (в переводе с греческого – «бессмертие»), точнее к его просторечной форме Фоня. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Фоня, со временем получил фамилию Фонин. О точном месте и времени возникновения фамилии Фонин в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Фонин представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.