Фамилия Фонина отвечает на вопрос «чей?» и принадлежит к самому распространённому типу русских семейных именований — образованных от личного имени отца. В её основе лежит уменьшительная форма Фоня, которая в старину была одним из народных вариантов крестильного имени Афанасий. Само имя Афанасий пришло из греческого языка и означает «бессмертие», что давало человеку пожелание долгой жизни и божественной защиты.

Модель образования проста: к основе Фоня добавили суффикс -ин, который в русском языке указывает на принадлежность. Первоначально Фонина — это «дочь или жена Фони», а для мужской линии форма звучала бы как Фонин. Такая пара фамилий типична для русской традиции, где женский вариант исторически закрепился за женщинами, а мужской — за мужчинами.

Интересно, что имя Фоня могло возникнуть не напрямую от полного Афанасий, а через промежуточные ступени. В народной среде Афанасия часто звали Афоня, а от этой формы уже появлялись более короткие варианты — Фоня, Фаня. Поэтому фамилия Фонина родственна более известным Афониным и Афанасьевым, но сохранила собственную, более компактную основу.

Скорее всего, основатель рода Фониных был выходцем из рабочей или крестьянской среды. В среде простых людей полные церковные имена почти не использовались в быту — их заменяли короткими домашними прозвищами, которые затем и ложились в основу фамилий. Фоня звучало просто, привычно для уха и не требовало особого социального статуса, поэтому фамилия Фонина встречается в документах разных губерний, но чаще всего связана с сельскими и посадскими семьями.

Словообразовательный разбор показывает, что перед нами не прозвище по профессии или внешности, а именно патронимическая фамилия — по имени предка. Это значит, что носительница фамилии Фонина может проследить свою родословную до конкретного человека по имени Фоня, который жил, вероятно, в XVII–XVIII веках, когда такие семейные именования окончательно закрепились и стали передаваться по наследству.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Фонин, Фонькин, Фонякин — показывает, что все они произошли от одного корня, но с разными суффиксами. Фонина выделяется тем, что форма с -ин считается одной из самых древних и простых, она не несёт дополнительных оттенков значения, кроме прямого указания на родство. В этом её историческая ценность: она сохранила память о живом разговорном имени, которое сегодня почти вышло из употребления.