Крестильное мужское имя Афанасий в переводе с греческого языка означает «бессмертие». В основе фамилии Фонина лежит производная форма этого имени - Фоня. Скорее всего, основатель рода Фониных был выходцем из рабочей или крестьянской среды. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Фоня, со временем получил фамилию Фонина.