Фамилия Фоницкий — редкий случай в русской ономастике, где топонимическая модель сталкивается с неочевидной основой. Суффикс -цк- (в форме -ицк-) указывает на происхождение от названия места: так образовывали фамилии дворяне и духовенство по своим владениям или приходам. В основе — скорее всего, название населённого пункта вроде Фоницы, Фоничи или Фоня. Такие топонимы встречаются в западных и южных регионах бывшей Речи Посполитой, откуда в Россию пришло много шляхетских и священнических фамилий.

Корень «Фон-» может быть искажением личного имени Афанасий (через просторечную форму Фоня) или заимствованием из немецкого «von» (указание на происхождение), но для русской фамилии первая версия правдоподобнее. Если Фоня — это уменьшительное от Афанасий, то Фоницкий буквально означает «выходец из села, принадлежащего Фоне» или «потомок Фони». В польской традиции суффикс -ицкий (-icki) часто присоединяли к названиям имений, поэтому предок мог владеть или служить в местечке Фонице.

В XIX веке носители фамилии Фоницкий встречались среди мещан и духовенства Черниговской, Киевской и Могилёвской губерний — как раз там, где топонимы на -ичи и -ицы распространены. Единичные упоминания есть в списках студентов Киевской духовной академии, что подтверждает связь фамилии со средой семинаристов и священников. В современной России фамилия остаётся малочисленной, сосредоточена в основном в Центральном и Северо-Западном округах.

Отдельно стоит отметить, что ударение, скорее всего, падает на первый слог — Фо́ницкий, как в большинстве фамилий на -ицкий с краткой основой. Вариант Фони́цкий возможен, но менее типичен для русского произношения.