Фамилия Формакидовы — редкий пример искусственного книжного именования, которое возникло не из бытового прозвища, а из греческой образованности. В основе лежит прозвище Формакид, восходящее к греческому слову φάρμακον (фармакон) — «лекарство» и одновременно «яд». Такая двойственность значения не случайна: в древнегреческом языке одно слово обозначало и снадобье, спасающее жизнь, и отраву.

Вероятнее всего, именование Формакид закрепилось за человеком, причастным к врачеванию, приготовлению или продаже лекарств. Но у слова есть и мифологический след. В сказаниях о царе Колхиды Айете упоминаются сады, обнесенные высокими стенами, где росли целебные и ядовитые растения, а охраняли их собаки с горящими глазами. Приготовлением снадобий там занимались фармакиды — волшебницы, посвященные в тайны действия ядов и лекарств. Не случайно наука о действии лекарств получила название фармакологии. В тех же садах, по преданиям, использовали мандрагору, белену и дурман — растения, которые могли и исцелить, и погубить.

В истории православия известен носитель близкого именования — иеромонах Феоклит Фармакид, деятель греческого церковного управления XIX века. Он был человеком либеральных взглядов и настаивал на приспособлении церковных начал к условиям современной ему жизни. Эта историческая параллель показывает, что слово «фармакид» бытовало не только в мифах, но и как живое именование образованного человека.

Суффикс -ов в фамилии Формакидов указывает на стандартную русскую модель образования от отчества: Формакид → сын Формакида → Формакидов. Сама фамилия Формакидовы в такой форме — явление позднее, книжное, и встречается она крайне редко. Это не крестьянское прозвище, а скорее семинарское или учительское именование, которое могли дать человеку, знакомому с греческой словесностью или медициной.