Фамилия Франчужин — редкая, и её разбор не укладывается в привычную схему «имя + суффикс». С первого взгляда бросается в глаза необычный суффикс -ужин, который почти не встречается в русских фамилиях. Такое окончание наводит на мысль, что перед нами не исконно русская модель, а скорее адаптация иноязычной фамилии на русской почве.

Основа фамилии — Франч или Франчук. Если отбросить суффикс -ин (который в русском языке означает принадлежность: «чей?» — Франчужин), то остаётся корень «франч-». Скорее всего, он восходит к имени Франц или к прозвищу, связанному с этим именем. Имя Франц — это немецкая форма латинского Franciscus («француз»). В славянской среде, особенно на западе Украины, в Беларуси и Польше, фамилии на -ук/-чук (Франчук) означали «сын или потомок Франца». А вот суффикс -ужин — это, вероятно, результат русификации: исходную фамилию Франчук переоформили в притяжательное прилагательное с помощью русского -ин, но из-за мягкого «ч» и последующего звука получилось не «Франчукин», а «Франчужин» (сравните: «казак» — «казакин», но в разговорной речи могло быть «казажин»).

Есть и другая, менее вероятная версия: фамилия могла произойти от прозвища Франчуга или Франчужа, которое дали человеку, чем-то напоминавшему иностранца, либо тому, кто носил одежду «французского покроя». Суффикс -уга/-ужа характерен для украинских и белорусских прозвищ (например, «сердюга»), и от такого прозвища с помощью русского -ин легко образовалась бы фамилия Франчужин.

Географически фамилия тяготеет к юго-западным регионам бывшей Российской империи — к современной Украине и Беларуси. Там имя Франц было распространено у католиков и униатов, а суффикс -ук/-чук — один из самых типичных для фамилий. Позже, при переселении в центральные губернии России или при записи в документы, фамилию могли «обрусить», добавив окончание -ин. Таким образом, Франчужин — это не случайный набор звуков, а свидетельство культурного пограничья: польско-украинская основа, переработанная русской языковой традицией.