Фамилия Франсишко — один из тех случаев, когда русская фамилия звучит как иностранная, но на поверку оказывается местной, переделанной на свой лад. Её основа — личное имя Франциск (латинское Franciscus, «франк», то есть «свободный»). В Западной Европе это имя давали в честь святого Франциска Ассизского, а в восточнославянских землях оно попало через католическое влияние Польши и Литвы. В польском языке имя звучит как Franciszek (Францишек), а в украинском и белорусском — как Францішак.

Ключевая деталь — суффикс -ко. В украинской и южнорусской ономастике он выполнял роль уменьшительности или сыновности, как -енко, но мог и просто адаптировать чужое имя к местной модели. Франсишко — это не «сын Франциска» в строгом смысле, а скорее бытовое, обиходное производное: Францишек превратился в Францишко, а потом, при записи в русских документах, «ц» перешло в «с» (как часто бывало с польскими именами, ср. Степан из Szczepan). Таким образом, фамилия буквально означает «маленький Франциск» или просто «Франциск» в народном произношении.

Географически фамилия Франсишко тяготеет к западным регионам бывшей Российской империи — к Беларуси, Украине, а также к Югу России (Кубань, Ставрополье), куда переселялись крестьяне в XIX веке. Носители этой фамилии в большинстве своём были крестьянами или мещанами, не имевшими дворянского титула. Фамилия не относится к числу распространённых, и её редкость объясняется именно локальным бытованием: она не вышла за пределы тех мест, где польско-католическое имя смешалось с восточнославянским словообразованием.

Интересно, что фамилия сохранила написание через «с», а не «ц» — это указывает на то, что её фиксировали русские писцы, которые передавали польский звук [ц] как «с» (ср. фамилию Серебрянский из польского Srebrzyński). Если бы фамилия записывалась в польской среде, она выглядела бы как Францишко. Таким образом, Франсишко — это не итальянская и не португальская фамилия (хотя внешне похожа), а чисто восточнославянская адаптация западного имени, прижившаяся в определённом регионе.