Фамилия Габалиня — редкая и неочевидная для русского уха. Её окончание -иня сразу выдаёт нетипичную модель образования: в русской фамильной системе суффикс -ин (-ын) — один из самых распространённых, но форма с -иня встречается в основном у фамилий польского, белорусского или украинского происхождения. В русском языке окончание -иня чаще характерно для существительных женского рода (типа «твердыня»), а в фамилиях оно указывает на западнославянскую или балтийскую огласовку. Поэтому первая и главная версия: Габалиня — фамилия не великорусская, а скорее белорусская или польская.

Основа фамилии — «Габал» или «Габала». В славянской ономастике это может быть производное от личного имени Габриэль (Гавриил) в его народных формах: Габа, Габаль, Габала. В белорусском и польском языках имя Габриэль часто сокращали до Габа, а суффикс -аль (-ал) придавал прозвищный оттенок. Таким образом, «Габаль» или «Габала» — это человек, которого в округе звали короткой формой от Гавриила, а его потомки стали Габалинями. Суффикс -иня в таком случае выполняет роль патронимического показателя: «сын Габали» или «из рода Габалы».

Есть и другая, менее вероятная версия — от географического названия. В Азербайджане существует город Габала (древняя Кабала), но для славянской фамилии такое происхождение маловероятно, если только предки не имели прямой связи с этим регионом (например, через торговлю или переселение). В польских и белорусских землях встречаются топонимы Габали (деревни) и урочища, но они не настолько известны, чтобы выводить фамилию именно от них.

Фамилия Габалиня не фиксируется в массовых списках дворянских родов или в исторических переписях центральной России. Она локальна: носители встречаются в основном на территории современной Беларуси, в восточных воеводствах Польши и среди потомков переселенцев в Сибири и на Дальнем Востоке. Сословно предки, скорее всего, были крестьянами или мещанами — фамилии на -иня нехарактерны для высшего дворянства, которое предпочитало формы на -ский и -ович.

В написании возможны варианты: Габалиня, Габалина, Габалинь. Ударение, по аналогии с фамилиями типа «Калиня» или «Галиня», падает на второй слог — Габа́линя. Фамилия редкая, но прозрачная по структуре: в ней слышна западнославянская мягкость и связь с библейским именем, которое в народе переделали на свой лад.